Het Interreg III-programma liep van 2000 tot 2007. Nadat in Interreg I en Interreg II aparte programma's liepen voor Euregio Scheldemond (Oost-Vlaanderen, West-Vlaanderen en Zeeland) en het Benelux Middengebied (Antwerpen, Noord-Brabant, Vlaams-Brabant en Belgisch en Nederlands Limburg) werd in het derde Interreg-programma gewerkt vanuit één strategie voor de gehele grensregio.
Het totale budget voor Interreg III Vlaanderen-Nederland bedroeg ruim 80 miljoen euro Europese steun vanuit het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling (EFRO).
Er konden binnen vijf prioriteiten projecten uitgewerkt worden:
Infrastructuur en mobiliteit
Binnen de eerste prioriteit, gericht op fysieke infrastructuur, werd vooral gewerkt rond recreatieve infrastructuur. In projecten als 'Kustfietsroute' en 'Beleef het groen' werden grensoverschrijdende fietsroutes gerealiseerd, terwijl in 'Maritiem Erfgoed' cultuurhistorisch erfgoed werd gerestaureerd. Dat laatste gebeurde vaak met de hulp van de inzet van langdurig werklozen, die zo een werkervaring opdeden.
Economie en innovatie
Binnen de prioriteit gericht op economische en wetenschappelijk-technologische samenwerking werden de zaadjes geplant waaruit de toekomstige innovatie-projecten, die centraal staan in Interreg IV en V, konden groeien. De eerste contacten tussen Vlaamse en Nederlandse economische intermediaire organisaties, zoals de provinciale ontwikkelingsmaatschappijen, kamers van koophandel, Agoria, Unizo en MKB, ontstonden binnen projecten als 'Duurzame Bedrijfsvoering' en 'Waterstofregio' en 'Vervoeg de keten - automotive sector'. Daarnaast werd er voor het eerst geëxperimenteerd met "Innovatievouchers" (LIOF) en met nieuwe materialen 'project OLED+' (TU/e).
Natuur en milieu
Ook al in de beginjaren van deze eeuw stond de bescherming van het leefmilieu centraal voor de binnen Interreg samenwerkende Vlaamse en Nederlandse provincies en ministeries. Daarom werd in de derde prioriteit werk gemaakt van projecten als 'Watermanagement', 'E-Bench' - (energiemanagement), 'Erosiebestrijding' en 'Duurzame Watersystemen'.
Werk en opleiding
Net als in het huidige programma was de goede werking van de arbeidsmarkt een aandachtspunt. In Interreg V wordt gezocht naar concrete projecten, gericht op bijvoorbeeld knelpuntberoepen. In Interreg III dienden vooraleerst de spelers op die arbeidsmarkt, over de grenzen heen, tot elkaar te komen. Toch werden in Interreg III al projecten gesubsidieerd gericht op de ontwikkeling van competenties voor de procesindustrie, en dit in zowel het oostelijk deel van het programmagebied als het westelijke deel, en werd in een project als ‘RITON’ gefocused op promotie van technische beroepen, en bijscholing van technici, net als in het project 'V@K' dat gericht was op permanente bijscholing en opleiding via internet voor technici en studenten in de verwarmings- en koelingssector.
Maatschappij en cultuur
Bovenal droeg Interreg III ertoe bij, dat het grensoverschrijdend contact tussen Vlamingen en Nederlanders, zowel professionals als de gewone mensen, gestimuleerd werd. In de vijfde prioriteit gericht op het bevorderen van maatschappelijke (en grensoverschrijdende) integratie was er onder andere een groot aantal ‘people to people’ activiteiten, waarin naar schatting maar liefst 700.000 Vlamingen en Nederlanders, via culturele events, workshops en uitwisselingen, betrokken raakten. Maar ook werden binnen deze prioriteit projecten in de sfeer van zorg gerealiseerd, waarvan de grensbewoner tot op de dag van vandaag profiteert. Bijvoorbeeld werkten ziekenhuizen samen om - gebruikmakend van schaalvoordelen - specialistische behandelingen mogelijk te maken in ziekenhuizen nabij de grens, terwijl de grensbewoner daarvoor voorheen altijd tot diep in het eigen binnenland diende te gaan.